Si bien Miguel Ángel Brindisi dirigió un gran cantidad de clubes a lo largo de su carrera, fue su paso por Independiente su momento más glorioso.
Brindisi aterrizó en el mundo rojo en 1994. Cuando llegó a la institución, venía en ascenso luego de su paso exitoso en Guatemala y Ecuador. Sin embargo, su experiencia en el fútbol argentino era escasa, ya que sólo había estado en el Alumni de Villa María. Su debut fue por un encuentro pendiente del Apertura 1993, en un 0 a 0 de visitante ante Banfield. Luego, las dudas se disiparon rápidamente cuando, en su primer torneo en el banco de los Diablos Rojos, se adjudicó el Clausura 1994 luego de vencer por 4 a 0 en la última fecha al Huracán de Héctor Cúper -que, con un empate, era campeón relegando al Rojo-. Ese torneo local significó el primero desde la campaña 1988-89. Además del campeonato obtenido, el fútbol de alto nivel mostrado siempre quedó recordado en la memoria del hincha. También hay que destacar a los protagonistas dentro del campo: Luis Islas, Oscar Craviotto, Pablo Rotchen, José Serrizuela, Guillermo Ríos, Diego Cagna, Hugo Pérez, , Gustavo López, Daniel Garnero, Sebastián Rambert, Ricardo Gareca y Albeiro Usuriaga.
Luego del Apertura, el Rojo se puso como objetivo el frente internacional. Así fue que consiguió la Supercopa de 1994, dejando en el camino al Santos, Gremio, Cruzeiro y a Boca Juniors en la final. Con los mismos protagonistas del Apertura -más el aporte de Ángel Matute Morales- y siempre con los partidos de vuelta de local, Independiente goleó a Santos y Cruzeiro 4 a 0 en la doble Visera. Ya en la final ante el xeneize, la ida terminó 1 a 1 y la vuelta fue victoria por 1 a 0 gracias al gol de Rambert, de emboquillada ante Navarro Montoya. En total, fueron 4 triunfos, 2 empates y 3 derrotas.
Aunque el comienzo del año 1995 no fue el esperado, hay que destacar que, si bien volvió Jorge Burruchaga y apareció Javier Mazzoni, se fueron varios de los referentes. Es por eso que no se pudo lograr el Clausura 1995, aunque en marzo se dio un momento cúlmine en la historia del club y del fútbol mundial: por la Recopa Sudamericana, en Japón, el Rojo venció 1 a 0 a Vélez Sarsfield -gol de Serrizuela- para configurarse como el equipo con más títulos internacionales en el mundo con catorce. Fue el momento en que en Avellaneda se coronó al Rey de Copas.
Luego de ese auge de éxitos, Brindisi se fue del banco rojo,luego de un 2 a 1 ante Cerro en Montevideo por Copa Libertadores. Dirigió al conjunto en 64 ocasiones: 26 triunfos, 22 empates y 16 caídas -58 por ciento de efectividad-. Si bien sólo estuvo diecisiete meses, levantó tres títulos y quedará en la memoria -con permiso del equipo campeón de Américo Gallego en el 2002- como el último gran equipo de Independiente.
