La mayoría de la carrera de Jorge Almirón como entrenador fue en México. Su último club, Godoy Cruz, fue quizás su mejor cara: peleando el descenso, logró la cuarta posición y la permanencia.
El primer equipo del cual se hizo cargo Almirón fue Dorados de Sinaloa, donde se retiró como futbolista, en la campaña 2008-2009. En las siguientes tres temporadas, pasó por tres instituciones distintas de México: Tiburones Rojos del Veracruz, Correcaminos UAT y Atlas de Guadalajara -en calidad de asistente-. En ninguna de ellas tuvo un paso exitoso.
En la temporada 2012-2013, dirigió a su primer club argentino: Defensa y Justicia. En ese año, el equipo de Varela venía mal, pero cuando agarró las riendas en la duodécima fecha logró levantarlo y terminó en la sexta posición. Su recuento marca 12 victorias, 10 empates y 5 derrotas.
Estuvo en el segundo semestre de 2013 en el Tijuana mexicano, luego de Antonio Mohamed, y no le fue bien. En este 2014, pasó a Godoy Cruz. Luego de la salida de Martín Palermo como técnico del Tomba, Almirón se hizo cargo al comienzo de año y consiguió mantenerlo en Primera División. El conjunto mendocino terminó, con 32 puntos, en la cuarta posición -empatado en unidades con Boca Juniors y Estudiantes-. En dicho Torneo Final 2014, el balance fue de 9 triunfos, 5 igualdades y 5 caídas.
Luego de terminado el campeonato, Almirón abandonó el equipo por la misma razón que Omar De Felippe se fue de Independiente: porque no llegaron los refuerzos que pidió.
