Claudio Aquino llegó a Fluminense en julio de 2016 a préstamo por un año, sin embargo, su rendimiento no fue el esperado por la dirigencia del club brasileño y podría volver a Argentina.
Apenas dos partidos fue tenido en cuenta el ex Godoy Cruz, de los cuáles uno fue titular y el otro entró desde el banco, sin marcar ningún gol ni dar ninguna asistencia. Los demás partidos no disputó siquiera un minuto, en un paso por demás frustrado.
A raíz de los dichos de Abel Braga, director técnico del equipo carioca, de que no tendrá en cuenta a Aquino, sus representantes decidieron rescindir el préstamo y buscarle un nuevo destino al mediocampista.